Boğazlıyan ilçesi ve çevresindeki tarihi kalıntılar incelendiğinde Hitit uygarlığı döneminde yerleşim merkezi olarak kullanıldığı daha sonraki dönemlerde Frgi, Lidra, Pers ve Kapadokya devletlerinin hüküm sürdüğü anlaşılmaktadır. M.Ö. 1 yüzyılda Anadolu toprakları Romalıların eline geçmesiyle Boğazlıyan ve çevresi de Roma egemenliğine girmiş, ardından MS 395 yılında Roma İmparatorluğundan Doğu Roma İmparatorluğu hakimiyetine geçmiştir. Türklerin Malazgirt Savaşı ile Anadoluya yerleşmelerinin ardından Boğazlıyan Danişmentliler topraklarına katılmış, daha sonra Anadolu’daki Moğol istilasının ardından Boğazlıyan 1340’ta Eretna Beyliği’ne bağlanmıştır. Kayseri merkezli olan Kadı Burhanettin Devleti’nin; hükümdarı Kadı Burhanettin’in ölümüyle, Osmanlı egemenliğinde yaşayan Boğazlıyan 1408’de Osmanlı topraklarına katılmıştır.

XVI. yüzyıla ait Osmanlı belgelerinde Boğazlıyan, cemaat ve mezra adı olarak kullanılmaktadır. Boğazlıyan cemaati, Boğazlıyan, Karacain ve Kızılcakışla arazilerini değerlendirmiştir. Şam Bayadı kabilesine bağlı olan Boğazlıyan Cemaati 1530’da 37 vergi nüfusuna sahipti. 1539 yılında Bozok Sancağına bağlı bir nahiye olan Boğazlıyan, 1642 yılında kaza olmuştur.

XVIII. yüzyılın ortalarına kadar bir köy görünümündeki Yozgat’a, Çapanoğulları tarafından Demirli Medrese ve Büyük Cami yaptırılmış ve ardından hamam, mektep, dükkan vs. gibi yapılarla Yozgat güzel bir şehir havasına bürünmüştür.

Daha sonraki aşamada da Çapanoğullarının uyguladığı teşvikler ve sunduğu hoşgörülü ortamla çevre şehirlerdeki Ermeniler ve Rumlar Yozgat, Boğazlıyan ve Saray’da iskan ettirilmişlerdir. XVIII. yüzyıl öncesinde Yozgat ve Boğazlıyan’da Ermeni varlığından söz edilmezken Ermenilerin Boğazlıyan’a gelmelerini ve burada rahat bir hayat sürmelerini sağlayan Çapanoğulları olmuştur.

İlk belediye teşkilatının 1879 yılında kurulduğu Boğazlıyan’da, bu dönemde bataklıktan dolayı meydana gelen olumsuz çevre şartlarının etkisiyle, Kaza Merkezi; askerlik şubesinin Boğazlıyan’da kalması şartıyla Boğazlıyan’dan Uzunlu’ya taşınmıştır. 1900 yılında ilçe merkezi tekrar Uzunlu’dan Boğazlıyan’a taşınmıştır. O yıllarda Boğazlıyan Akdağ nahiyesi ile birlikte 113 köyü vardı.

Balkan ve 1. Dünya Savaşı sırasında cepheye asker göndermiş olan Boğazlıyan değişik cephelerde 240 civarında şehit vermiştir. Bu dönemde Boğazlıyan’da seferberlikten dolayı eli silah tutanların çoğu cephede olduğu için köylerde savunmasız insanlar kalmıştı. Ermeni çetelerinin yapmış olduğu saldırılar neticesinde birçok masum insan zarar görmüştü. Olaylar Yozgat Jandarma taburu tarafından bastırılarak çeteler etkisiz hale getirilmiştir.

1915 yılında çıkarılan Tehcir Kanunu ile Boğazlıyan’a ilk sevk emri 18 Temmuz 1915’te gelmiş, 21 Temmuz 1915 tarihinde ilçede yaşayan Ermenilerin bir kısmı Suriye’ye göç ettirilmiştir. Bu emir o sırada Boğazlıyan Kaymakamı ve Yozgat Mutasarrıf Vekili Mehmet Kemal Bey tarafından yerine getirilmiştir. Nakiller esnasında kolluk kuvvetlerinin tedbirlerine rağmen, iklim şartlarının olumsuzlukları, eşkıya saldırıları, hastalıklar ve Ermenilerce katledilenlerin yakınlarının intikam almak için yapmış olduğu ferdi olaylar olmuştur. Bölgeden sevk edilen Ermenilerin yaşadıkları olaylarla ilgili olarak suistimalleri ortaya çıkan yetkililer, bizzat Kaymakam Mehmet Kemal Bey tarafından mahkemeye sevk edilmiştir. Ancak Kemal Beyin ihmali olduğu da düşünülerek 5 Şubat 1919’da Harp Divanı’nda yargılanmasına başlanmıştır. 7 Nisan 1919’da sona eren yargılamada mahkeme heyeti değişikliğe uğramış ve 18 duruşma gerçekleşmiştir. Mahkeme heyeti 8 Nisan 1919’da Yozgat ve Boğazlıyan Ermenilerinin tehciri sırasında suistimal, öldürme olaylarında gevşek davrandığı gerekçesini ileri sürerek Kemal Bey’i idama mahkum etmiştir. 10 Nisan 1919 ‘da İstanbul Bayezid meydanında idam edilen Kemal Bey’in cenazesi 11 Nisan günü Türk bayrağına sarılı olarak halkın katıldığı bir törenle Kadıköy’deki Kuşdili Çayırı’nda bulunan kabristana defnedildi.

Yapılan görüşmelerin ardından Büyük Millet Meclisi, 14 Ekim 1922’de Boğazlıyan Kaymakamı Kemal Bey’e “Milli Şehit” unvanı verilmesine ve ailesine vatana hizmet tertibinden maaş tahsis edilmesine karar verdi.

Milli Mücadele’nin başlangıcında Orta Anadolu’da çıkan Boğazlıyan’ı da etkileyen en önemli olay “Çapanoğlu İsyanı”dır. Çapanoğullarından Edip, Celal ve Halit Bey bu isyan içerisinde yer alan liderler olmuştur. Afyon mutasarrıfı olarak görev yapan Celal Bey’in görevinden alınması Heyet-i Temsiliye ile Çapanoğulları arasındaki ilk anlaşmazlık olmuştur. İstanbul’un işgal edilip Osmanlı Meclis-i Mebusanı’nın çalışmalarına son vermesinden sonra yeni bir meclis oluşturulması ve sancaklarda milletvekili seçimi yapılması kararlaştırılmıştı. Bu sebeple Yozgat Belediyesi’nde yapılan görüşmelerde Çapanoğulları “Böyle bir meclis ve seçimin yasaya aykırı olduğunu bu tutumla padişaha karşı çıkıldığını,” ifade etmişlerdir. Bu olayda Çapanoğulları ile Heyet-i Temsiliye arasındaki ikinci anlaşmazlık olmuştur.

Milli Mücadele için tehlike oluşturan bu tutum karşısında Çerkez Ethem kuvvetleri Yozgat’a sevk edilmişler ve 23 Haziran 1920’de ciddi bir direnişle karşılaşmadan şehre girmişlerdir. Çerkez Ethem 28 Haziran 1920’de Arapseyf’de toplanan Çapanoğullarını etkisiz hale getirmiştir.

23 Haziran 1920’de Çerkez Ethem’in Çapanoğulları isyanını bastırmasının ardından Kılıç Ali Bey Boğazlıyan çevresinde eşkiyalık yapan isyancıları etkisiz hale getirmiştir.

Çapanoğulları ailesinden üç kişinin başlatmış olduğu bu isyan hareketini bütün Çapanoğulları sülalesine mal etmek yanlış olduğu gibi zaten ne Yozgat halkı ne de Boğazlıyan halkı bu isyanı desteklemiştir. Nutuk’ta Boğazlıyan halkı veya Yozgat halkı şeklinde bir ifade de bulunulmamış, ayaklananlar kelimesi tercih edilmiştir. Boğazlıyan halkı Kurtuluş Savaşı esnasında her zaman Milli Mücadele yanında yer almış ve destek vermiştir.

Atatürk 15 Ekim 1924’te Kayseri’den yola çıkmış, Boğazlıyan’da şu anda Gazipaşa İlköğretim Okulu olan Hükümet Konağı’nın balkonundan halkı selamlamış ve daha sonra tekrar yola çıkarak gece geç saatlerde Yozgat’a ulaşmıştır.